La Collegiata, detta anche chiesa del S. Cuore e dedicata a S. Giovanni Battista ed a S. Giovanni Evangelista, fu innalzata nel 1753. Domenico Pecci, capopriore del comune ed amico di Clemente XIV, nel 1769 fece sì che fosse nominata collegiata: questo titolo veniva dato a quelle chiese che avevano la possibilità economica di mantenere un collegio di canonici che prestavano servizio giornaliero con particolari uffici nella stessa chiesa.
Diventò parrocchia al posto di S. Angelo verso la fine del XVIII secolo.
L’interno a croce greca, presenta un’unica navata con altari laterali. A destra troneggia una statua in marmo di Leone XIII eretta nel 1891 da un americano d’origine francese il duca Giuseppe de Loubat ed opera dell’artista Giuseppe Lucchetti: a destra della statua sono elencati, in una lapide, tutti i benefici concessi da Leone XIII a Carpineto. Le decorazioni in alto sono di Mario Adami, e gli affreschi dei quattro santi nei peducci sono del Nobili. L’organo, che ha un suono tutto particolare, è stato offerto da Leone XIII.
L’abside è stata restaurata nel 1965 ed i mosaici (simboli dei quattro evangelisti e il Cristo librato su Carpineto con ai lati gli stemmi di Paolo VI e del vescovo diocesano Compagnone) sono stati eseguiti dal “Mosaici Studio Cassio” di Roma su cartoni di Carlo De Angelis. Sempre nel coro ci sono due pitture del 1921 di Raffaele Gagliardi raffiguranti S. Giovanni Battista e S. Giovanni Evangelista. A sinistra, presso il pulpito di legno, per ora poggiata sul pavimento, c’è una pala d’altare che rappresenta la flagellazione del Cristo, attribuita dalla critica a Giulio Romano, il più grande discepolo di Raffaello: tipiche del grande discepolo sono infatti le caratteristiche del quadro, come l’impasto, l’anatomia monumentale ed il movimento vivificato da luci gagliarde.
Il capolavoro si trovava, fino a qualche anno fa nella chiesa di S. Angelo ed era in pessimo stato: è stato restaurato in modo stupendo dalle Belle Arti. Nella sagrestia della Collegiata si trova una campana di mezzo metro di diametro e dell’altezza di quasi un metro: fu donata da un certo messer Matteo (dottore e militare) il 2 agosto 1249 all’abbazia di Valvisciolo e fusa dal maestro Rainerio, campanaro in Carpineto: dalla critica è considerata come la migliore espressione campanaria laziale nel medioevo.
Uscendo dalla Collegiata, al numero 5 di Piazza Regina Margherita, c’è un’interessante affresco quattrocentesco in buona parte, purtroppo, andato distrutto: si riconosce una Madonna che tiene in braccio il Bambino, circondata da Santi; questo luogo, adibito ora a barberia, era una volta la sede della confraternita del SS. Sacramento. Imboccando via Umberto I, al numero 43 sopra una finestra rinascimentale, c’è l’iscrizione augurale: da pacem dne in diebus nostris (Dacci pace, Signore durante la nostra vita).